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Voici un petit script trouvé sur le site de PremaSolutionsConsulting.

D’abord créer un profil d’export dans Magento.
Récupérer son id (voir l’URL dans l’admin).

Ensuite, envoyer ce script en remplaçant l’id par celui de votre export :

Maintenant, il mettre en place un cronjob sur le serveur web qui exécute la commande suivante :

Remplacer start_export.php par le nom du script que vous avez donné.